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mercredi 13 juillet 2016

Return to the pre antibiotic era

Before sinking due to Brexit, the British Government was launched in a commendable and unprecedented effort to attract the attention of the international scientific community and the political and economic decision-makers on the danger of the growing resistance to antibiotics. This theme was the subject of several reports. Organization and final synthesis were entrusted to the Economist and former President of asset management at Goldman Sachs, Jim O'Neill, the idea being that the only public health consequences appear insufficient to attract attention to policies, which each time they hear the word “health” fear additional costs,  but they would be perhaps more attentive if an economist showed them the economic consequences. On this point, the final report of Jim O'Neill (Tackling drug-resistant infections globally: final report and recommendations, should not disappoint them:

10 million deaths a year

Resistance to antibiotics is already the cause of a "very shocking" number of 700,000 victims per year.
It could cause 10 million additional deaths per year by 2050, or one death every three seconds. More than cancer !
The cost by 2050 would represent 100 million million $
And the authors note that during the 18 months of drafting their report, they witnessed the emergence of resistance which they did not they would appear as early, for example resistance to colistin, one of the antibiotics of last resort, end 2015 (in China, in India and the USA), one of the causes being the use of this antibiotic in a pig farm in China). The Chinese begin to worry so much the situation they helped (but not only) to establish that they were the first with the British to agree to establish a fund dedicated to innovation in this area, for $ 72 million each.

The recommendations

-an international public campaign of sensitization on the impact of the emergence of resistance to antibiotics

- Reduce drastically the use of antibiotics in livestock. We need improve global monitoring, to determine the extent of the use of antibiotics in agriculture in every part of the world. Reduction targets will have to be proposed by each Government, leaving some flexibility for decay. However, we should move forward much more quickly in the prohibition or restriction in animals of antibiotics vital to human health... The report also proposes to promote the development and use of vaccines and other alternatives;

- Encourage innovation and changing economy of antibiotic therapy

No new classes of antibiotics has emerged for decades (with the exception of linezolid). The market of antibiotics is not at all attractive for a pharmaceutical company. If the overall market is quite large (40 billion), sales of products under patent are only about 7 billion $, which is the sale of a single blockbuster in the field of cancer. There is also the difficulty of research and the fact that the initial market will be small, since a new antibiotic will be reserved for hospital use (what is a healthy measure).
The Group therefore considered the need of new and better incentives to promote investment in the field of antibiotic research. He proposed a system of entry ticket up to 1 billion $ for any discovery of a new antibiotic active on resistant pathogens, whether it belongs to a new family or not, provided that it will be made available in any region of the world where it is needed, and that its use will be limited to the treatment of resistant infections (including TB, gonorrhea, pathogenic gram negative and some fungal infections, which are badly needed are particularly urgent.
This idea was to be discussed at an upcoming G20 in September, to be implemented at the international level. It would be a pity that the current turbulence of Britain, leader in this area,  could delay the implementation of this recommendation

- Promote new diagnostics tools

We need  better description of  existing antibiotics. The group found amazing that doctors continue to prescribe antibiotics only on their immediate assessment of the patient symptoms, just as they do since the invention of antibiotics... When an assay is used for the diagnosis, it is often based on very slow technology that has not changed significantly since the 1860s...; Development of rapid diagnostics would enable significant progress. I would add that recommendations which lead to prescribe fewer antibiotics as blindly as they are prescribed are hardly satisfactory: it is not necessarily to prescribe less, but better.


- Promoting the anti-infective industry

It is necessary to increase the number of researchers, physicians and medical staff working in infectious diseases as well as the remuneration and career profiles. The report notes that doctors working in infectious diseases are less well paid than other 25 medical specialties in the USA, and the picture is similar for nurses and hospital practitioners. Careers are less attractive financially and in terms of prestige


It would be a pity that the adventures of the Brexit endanger this program to fight antibiotic resistance, in particular the financing of research and the 1 billion ticket for the discovery of new antibiotics active on resistant threatening strains. If the British Government now has other worries, Europe should take on board.

Retour à l’ ère préantibiotique

Avant de sombrer pour cause de Brexit, le gouvernement britannique s’était lancé dans un effort louable et sans précédent pour attirer l’attention de la communauté scientifique internationale  et des décideurs politiques et économiques sur le danger de la résistance croissante aux antibiotiques. Ce thème a fait l’objet de plusieurs rapports dont l’organisation et la synthèse ont été confiés à l'économiste et ancien président de la gestion d'actifs de Goldman Sachs, Jim O'Neill, l’idée étant que  les seules conséquences pour la santé publique paraissant insuffisantes à attirer l’attention des politiques, qui chaque fois qu’ils entendent ce mot santé craignent des  dépenses supplémentaires, ils seraient peut-être plus attentifs si un économistes leur montrait en plus les conséquences économiques. Sur ce point, le rapport final de Jim O'Neill (Tackling drug-resistant infections globally: final report and recommendations), remarquable, ne devrait pas les décevoir :

10 millions de morts par ans                                       

La résistance aux antibiotiques est déjà la cause d’un « très choquant » nombre de  700.000 victimes par ans.
Elle pourrait causer 10 millions de morts supplémentaires par an d’ici 2050, soit un décès toutes les trois secondes. Plus que le cancer !
Le coût d’ici à 2050 représenterait 100 millions de millions de dollars
Et les auteurs notent que pendant les 18 mois de la rédaction de leur rapport, ils ont assisté à l’émergence de résistances dont ils ne pensaient pas qu‘elles apparaitraient aussi tôt, par exemple les résistances à la colistine, l’un des antibiotiques de dernier recours, fin 2015 (en Chine, en Inde et aux USA), l’une des causes étant l’utilisation de cetantibiotique dans des élevage, notamment de porcs en Chine). Les Chinois commencent à s’inquiéter tellement de la situation qu’ils ont contribué (mais pas eux seulement) à créer qu’ils ont été les premiers avec les britanniques à accepter de doter un fonds consacré à l’innovation en ce domaine, pour 72 millions de dollars chacun.

Les préconisations

 - une campagne internationale publique de développement sur les conséquences de l’émergence des résistances aux antibiotiques

- Réduire de manière drastique l’utilisation des antibiotiques dans les élevages. Il faut  améliorer la surveillance mondiale, afin de connaître l’ampleur de l’usage des antibiotiques dans le secteur agricole de chaque partie du monde. Des objectifs de diminution devront alors être proposés par chaque gouvernement, leur laissant une certaine flexibilité pour la décroissance.  Il faut cependant faire progresser beaucoup plus rapidement l’interdiction ou la restriction chez les animaux d’antibiotiques vitaux pour la santé humaine...Le rapport propose également de promouvoir le développement et l’utilisation des vaccins et autres solutions de rechange ;

- Encourager l’innovation et changer l’économie de l’antibiothérapie

Aucune classe réellement nouvelle d’antibiotiques n’a émergé depuis des décennies (à l’exception du linezolid). Le marché des antibiotiques n’est pas du tout attractif pour une compagnie pharmaceutique. Si le marché global est assez important (40 milliards), les ventes des produits sous brevet ne représentent que.7 milliards de dollars environ, soit les ventes d’un seul blockbuster dans le domaine du cancer. A cela s’ajoute la difficulté de la recherche et le fait que le marché initial sera faible, puisqu’un nouvel antibiotique sera réservé à l’usage hospitalier (ce qui est une saine mesure).
Le groupe a donc estimé qu’il fallait de nouvelles et meilleures incitations pour promouvoir l’investissement dans le domaine de la recherche en antibiothérapie. Il a proposé un système de ticket d’entrée à 1 milliard de dollars pour toute découverte d’un nouvel antibiotique actif sur les pathogènes résistants,  qu’il appartienne ou non à une nouvelle famille, à condition qu’il soit disponible dans toute région du monde où il est nécessaire, et que son utilisation soit limitée au traitement des infections résistantes ( parmi lesquelles les tuberculoses, les gonorrhées, les pathogènes gramme négatifs et quelques infections fongiques) sont plus particulièrement urgentes.
Cette idée devait être discutée à un prochain G20 en septembre, pour être mise en œuvre  à l’échelle internationale. Il serait dommage que les turbulences actuelles de la Grande-Bretagne, très moteur en ce domaine, retardent la mise en œuvre de cette préconisation

- Promouvoir de nouveaux outils diagnostics

Il s’agit de mieux prescrire les antibiotiques existants. Le groupe a trouvé  incroyable que les médecins continuent à prescrire des antibiotiques uniquement sur leur appréciation immédiate des symptômes du patient, juste comme ils le font depuis l’invention des antibiotiques... Lorsqu’un test est utilisé pour le diagnostic, il est souvent basé sur une technologie très lente qui n’a pas  changée de manière significative depuis les années 1860… ; Des efforts de développement de diagnostics rapides permettraient des progrès significatifs. J’ajouterais que les préconisations qui conduisent à prescrire moins d’antibiotiques aussi aveuglément que l’on en prescrit ne sont guère satisfaisantes : Il ne s’agit pas nécessairement de prescrire moins, mais mieux.  

- Promouvoir la filière antiinfectieux

Il faut augmenter le nombre de chercheurs, médecins et personnel médical travaillant dans les maladies antiinfectieuses ainsi que la rémunération et les profils de carrière.  Le rapport constate que :es médecins des maladies infectieuses sont les moins bien payés de 25 spécialités médicales aux USA, et le tableau est similaire pour les infirmiers et praticiens hospitaliers. Les carrières sont moins attractives financièrement et en terme de prestige


Il serait dommage que les péripéties du Brexit mettent en danger ce programme de lutte contre l’antibiorésistance, en particulier le financement de la recherche et le ticket d’entrée pour la découverte de nouveaux antibiotiques. Si le gouvernement britannique a maintenant d’autres soucis, l‘Europe devrait le reprendre à son compte.


dimanche 3 juillet 2016

La recherche en France – un décrochage inquiétant : rapport du CESE

Le financement de la Recherche est insuffisant

Le Conseil économique, social et environnemental élaborer un rapport annuel sur l’état de la France. Le rapport 2015 montre ce que les rapporteurs eux-mêmes qualifient de décrochage inquiétant.
- Avec un taux de 2,26 % du PIB en 2014 consacré à la Recherche développement, la France se situe en deçà de l’objectif de 3 % de la Stratégie de Lisbonne de 2002 ; ce taux  situe la France loin du groupe des pays européens « leaders » dont l’effort de recherche avoisine ou dépasse l’objectif des 3 % du PIB (Allemagne, Autriche, Danemark, Finlande, Suède niveau dépassé régulièrement par l’Allemagne, l’Autriche et les pays scandinaves.
Ce retard qui dure depuis des années et a même tendance à s’aggraver a des conséquences qui commencent à se faire sentir : la baisse de la part de notre pays dans les publications scientifiques (-15,1% entre 1999 et 2013) et la  chute dans les demandes de brevets européens (8,3 % en 1994 pour 6,4 % en 2012) sont autant de signes d’un décrochage certain.
- Ce décrochage se vérifie également dans le secteur privé  : les investissements de R&D des entreprises françaises figurant dans le classement«  Global innovation 1000  » (rapport 2015 de l’étude «  global innovation 1000  » de PwC Strategy) n’ont crû que de 28 % depuis 2005 contre 66 % pour l’ensemble des entreprises européennes.
A noter que  cet indicateur d’effort de recherche ne prend pas en compte les données relevant du ministère de la Défense et que l’activité de recherche des enseignants-chercheurs des universités et des professeurs des centres hospitalo-universitaires est difficile à quantifier. Enfin et surtout  cet indicateur ne rend pas compte de l’effort financier consenti au titre des aides fiscales, à l’instar du crédit d’impôt recherche.
 L’effort financier consenti au titre des aides fiscales, à l’instar du Crédit d’Impôt Recherche (CIR), constitue un important levier d’incitation à l’innovation (6,2 milliards d’€ en 2014). La question d’un meilleur fléchage en relation notamment avec les emplois créés dans la recherche et d’un réel contrôle de ce dispositif mérite d’être posée pour en accroître l’effectivité et s’assurer qu’il bénéficie à l’ensemble des entreprises, notamment aux PME et ETI. La stratégie de certains groupes internationaux en France soulève des questions légitimes en rapport avec des pratiques d’optimisation fiscale, alors que l’Allemagne parvient à atteindre l’objectif de3  % sans recourir à un dispositif de ce type, une des explications possibles étant que les écosystèmes diffèrent selon les pays. La discussion au sein de la commission sénatoriale sur le budget de la mission interministérielle Recherche et Enseignement supérieur (MIRES) dans le cadre du projet de loi de finances pour 2016 témoigne de la nécessité d’une évaluation que le CESE a lui-même appelé de ses vœux dans son avis sur La compétitivité : enjeu d’un nouveau modèle de développement (rapporteure : Isabelle de Kerviler, 2011,)

Commentaire : La faiblesse du financement de la rechercher française devient problématique, et c’est le grand mérité de ce rapport du CESE que de le signaler de manière non ambigüe. Et c’est le moment que le gouvernement a choisi pour annuler 256 millions de crédit sur la mission recherche et enseignement supérieur. Après une tribune de sept prix Nobel et une médaille Fields, une partie de la somme a été épargnée, soit 134 millions d’euros. Mais, un mois plus tard, c’est sur le front de l’Agence Nationale de la Recherche que la technocratie de Bercy s’est abattue, au point que le comité d’évaluation en mathématiques et informatique a démissionné en bloc, dénonçant « une chute gravissime du nombre de projets financés ». Dans un domaine en pleine explosion avec la révolution du big data ! La priorité à la recherche est bien oubliée, ce n’est pas ainsi que l’on prépare l’avenir !
En ce qui concerne le Crédit Impôt Recherche, il faut éviter de le modifier substantiellement en permanence – la complexité et le manque de stabilité et de prévisibilité de l’administration fiscale sans doute plus que le niveau absolu des prélèvements constituent un repoussoir pour les entreprises et un réel inconvénient pour leurs stratégies. Sur les dernières années, on ne peut pas lui reprocher d’avoir eu peu d’effets sur l’accroissement de l’emploi scientifique privé tant il est certain qu’il a eu un effet massif sur la protection de l’emploi existant durant la crise !
Il joue aussi un rôle important dans l’attractivité du territoire français pour les centres étrangers, avec l’excellence de certaines formations scientifiques. Il répond aussi particulièrement bien au besoin spécifiquement français d’investir dans la recherche et le développement privés, dramatiquement insuffisants, par sa souplesse qui permet aux entreprises d’accompagner au mieux leur stratégie, mieux que les systèmes allemands, belges etc. reposant sur des subventions publiques. S’il existe des dévoiements, ils peuvent être supprimés par des contrôles qui existent ; mais lorsqu’on parle du crédit impôt recherche des grandes entreprises, il faut savoir qu’assez souvent, ils favorisent en fait la sous-traitance de travaux de recherche par des start-up françaises ou européennes (au fait, on voudrait bien voir une certaine réciprocité à cette extension imposée par la Commission Européenne) et donc constituent un excellent moyen de favoriser à moindre risques l’innovation.

La question de l’emploi scientifique : manque d’attractivité des carrières

« Une nécessaire prise en compte des réalités de terrain : au-delà de l’approche quantitative, la qualité de la recherche dépend des conditions dans lesquelles celle-ci est menée. Une attention particulière doit être portée aux perspectives de carrière offertes aux chercheurs et aux futurs docteurs (en termes de stabilité, de reconnaissance de leurs qualifications et de conditions de rémunération). Ceux-ci font également face à une dégradation de leurs conditions de travail sous l’effet de contraintes financières, organisationnelles et temporelles accrues. Ils sont confrontés à un alourdissement de leurs tâches administratives (temps consacré aux évaluations multiples, à la recherche de financements dans le montage de projets, sans certitude aucune d’être éligible, affaiblissement des fonctions supports).
Ce contexte contribue à la perte d’attractivité des métiers de la recherche auprès des jeunes, à la fuite des talents à l’étranger ou vers d’autres horizons professionnels. Le CESE avait déjà souligné l’importance de cet enjeu dans son avis sur la compétitivité (cf.supra), alors que la question du renouvellement des générations de chercheurs proches de la retraite - et de la transmission de leur savoir - se pose aujourd’hui avec une acuité particulière. Cette réflexion doit être étendue aux perspectives de carrière offertes aux doctorants et post-doctorants au sein du secteur privé.
En outre, le système de recherche public est l’objet de transformations qui menacent son efficacité. Ainsi faut-il craindre les complications issues du processus de regroupement des universités, la réduction des crédits de base des laboratoires et le fléchage des crédits de l’Agence nationale de recherche vers les projets de court terme ou étroitement finalisés, au détriment du soutien à la recherche fondamentale. L’un des risques est l’apparition d’un système à plusieurs vitesses laissant de nombreuses équipes de haut niveau à l’écart de tout financement significatif, comme l’Académie des sciences l’a récemment souligné (Le financement de la recherche : un chantier urgent, communiqué du 16 juin 2015). Outre les emplois de recherche, la valorisation des doctorants et post-doctorants doit être améliorée au sein du secteur privé afin notamment de constituer des compétences sur l’anticipation et la prospective. »

Commentaire : Enfin ! Enfin un rapport qui aborde franchement le problème qui risque d’entraver le plus gravement la recherche française dans les années qui viennent : le manque d’attractivité des carrières de recherche. Dans le public : le brillant résultat d’années de gestion catastrophiques de la recherche, avec la folie des évaluations en cascade par des tutelles multiples, la folie de la recherche ciblée qui oblige responsables de laboratoires et d’équipes à se transformer en chercheurs effrénés de subvention à des guichets innombrables, aux procédures opaques et lourdes et  aux chances de succès à peu près égales à celles du Loto, puis reprendre et rédiger encore d’imposants dossiers pour coller à la dernières mode imposée par les agences. Alors que tous ceux, dans les générations précédentes, qui ont illustré la science française disent que, malgré la modicité  (pour ne pas dire plus) relative à l’échelle internationale des salaires français, ce qui a fait leur succès, c’est la liberté de recherche qu’on pouvait trouver dans les grands organismes de recherche. Et évidemment, le nombre de postes qui fait qu’il est illusoire d’espérer un poste fixe, un salaire modeste mais fixe, une sécurité élémentaire qui permette de fonder une famille avant une thèse, un post doc, un autre post doc,  un temps d’attente à assurer quelques travaux d’encadrement en fac etc. ; bref avant 28, 29, 30 ans, voire plus, selon les domaines. Alors que naguère, les attachés de recherche du CNRS étaient recrutés au début de leur thèse ! Inacceptable et indécent, alors comment s’étonner que tant d’étudiants, malgré l’intérêt scientifique, en particulier dans les grandes écoles, refusent de faire des thèses, voire s’arrêtent, écœurés (ou conscients des réalités…),  en cours de route ! Et même avouons-le, à quelques exceptions près, ce ne sont plus les étudiants les plus brillants qui se lancent dans la recherche…Et dans le privé, ou même dans la fonction publique hors recherche,  la thèse n’est pas reconnue dans les conventions collectives, les salaires d’embauche ont baissé, et de plus, le temps où la recherche dans les grandes entreprises était sanctuarisée n’est plus et les plans sociaux ou les transferts forcés se multiplient ; sans compter que globalement l’emploi dans les grandes entreprises diminue et la recherche est externalisée dans des sociétés de service ou des start-ups, qui peuvent être motivantes, mais avec des avantages sociaux réduits et surtout une précarité croissante.

Une rupture franche s’impose, sans quoi une nouvelle génération sera sacrifiée pour la recherche, et la recherche française elle-même sera sacrifiée. Oui, comme le constate le CESE, c’est un décrochage très inquiétant. Et sa recommandation n°1 est la suivante : 1. Investir massivement dans la préparation de l’avenir Intensifier l’effort de recherche. La France n’investit pas assez dans la préparation de l’avenir, L’effort de recherche doit atteindre 3 % du PIB en progressant à la fois dans la recherche publique, et en recherche et développement dans les entreprises.